文昌鱼还有许多其他器官与脊椎动物同源,如可以搏动的腹大动脉、动脉弓以及肝盲囊等,呈现出脊椎动物器官发育的早期状态,是研究脊椎动物器官系统发育的理想模式生物 。

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文昌鱼在世界各地的分布数量一般不大,唯有在中国沿海分布较广,但由于栖息环境遭到破坏等原因,文昌鱼的资源量逐年下降,分布区域变得越来越狭窄,已沦为稀少物种,我国已把文昌鱼列为二级保护动物 。
文昌鱼身体前部的中胚层是以体腔囊的方式所形成,与棘皮动物及半索动物相同,身体后部中胚层的发生方式又与脊椎动物一致,由此可见文昌鱼在两大类动物中处于过渡性质的居中地位,对动物学的一些基本理论研究方面,可以提供许多有价值的材料 。
在基因组水平上,文昌鱼基因组长度大约只有高等脊椎动物基因组的17% 。在脊椎动物出现前不久,脊索动物中的一个分支曾出现过基因组加倍,后来这一分支进化发展为现今的脊椎动物 。
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